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JP-2026077722-A - Dux4阻害剤およびその使用方法

JP2026077722AJP 2026077722 AJP2026077722 AJP 2026077722AJP-2026077722-A

Abstract

【課題】 DUX4遺伝子の発現を低減または阻害するための二本鎖低分子干渉RNA(siRNA)分子を提供すること。また、DUX4を標的とする二本鎖siRNA分子を細胞に接触させ、それによりDUX4の発現を低減または阻害することを含む、該細胞におけるDUX4の発現を低減または阻害する方法を提供すること。 【解決手段】 配列番号593の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%または100%相補的な核酸塩基配列を含む二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖を含む二本鎖低分子干渉RNA(siRNA)、および該siRNAを含む組成物を提供する。いくつかの態様では、表1に列記された核酸塩基配列からなる群より選択される配列の少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または少なくとも12個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を含むアンチセンス鎖を含むsiRNAを提供する。 【選択図】図1A

Inventors

  • ドガーティ,ショーン クリストファー
  • チェン,リーシャン
  • スベルドラップ,フランシス マイケル

Assignees

  • ウルトラジェニクス ファーマシューティカル インク.
  • セントルイス ユニバーシティ

Dates

Publication Date
20260513
Application Date
20260210
Priority Date
20200901

Claims (20)

  1. センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖低分子干渉RNA(siRNA)であって、ここで、前記二本鎖siRNAのアンチセンス鎖は、配列番号:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92,94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236,238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308,310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452,454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514、516、518、520、522、524、526、528、530、532、534、536、538、540、542、544、546、548、550、552、554、556、558、560、562、564、566、568、570、572、574、576、578、580、582、584、586、588、590および592からなる群より選択される配列の少なくとも12個の連続ヌクレオチドの核酸塩基配列を含み、かつ前記二本鎖siRNAが、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドを含む、二本鎖siRNA。
  2. 二本鎖siRNAのアンチセンス鎖が、配列番号:216、218、220、312、324、340、342、348、350、352、354、364、372、376、400、402、404、410、434、446、448、450、462および564からなる群より選択される配列の少なくとも12個の連続ヌクレオチドの核酸塩基配列を含む、請求項1に記載の二本鎖siRNA。
  3. センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖siRNAであって、ここで、前記二本鎖siRNAのセンス鎖は、配列番号:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237,239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379,381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451,453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513、515、517、519、521、523、525、527、529、531、533、535、537、539、541、543、545、547、549、551、553、555、557、559、561、563、565、567、569、571、573、575、577、579、581、583、585、587、589および591からなる群より選択される配列の少なくとも12個の連続ヌクレオチドの核酸塩基配列を含み、かつ前記二本鎖siRNAが、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドを含む、二本鎖siRNA。
  4. センス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖siRNAであって、ここで、前記二本鎖siRNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の核酸塩基4605~7485の等長部分のうち少なくとも8個の連続核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を含み、前記センス鎖は前記アンチセンス鎖に少なくとも85%相補性を有し、かつ前記二本鎖siRNAは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドを含む、二本鎖siRNA。
  5. 二本鎖siRNAのアンチセンス鎖が、配列番号593の核酸塩基4605~4638、4693~4727、4765~4783、4933~4951、4990~5011、5075~5093、5127~5148、5161~5193、5201~5228、5243~5279、5305~5327、5353~5397、5433~5461、5464~5509、5522~5540、5651~5670、5809~5830、5842~5865、5969~5990、6066~6086、6109~6135、6183~6229、6328~6369、6403~6451、7120~7138、7162~7190、7239~7285、7404~7437、または7452~7485の等長部分のうち少なくとも8個の連続核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を含む、請求項4に記載の二本鎖siRNA。
  6. 二本鎖siRNAのセンス鎖の少なくとも1つのヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の二本鎖siRNA。
  7. 二本鎖siRNAのセンス鎖の各ヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項1から6のいずれか一項に記載の二本鎖siRNA。
  8. 修飾糖が、2’-OMe修飾糖および2’-F修飾糖から選択される、請求項6に記載の二本鎖siRNA。
  9. アンチセンス鎖が、3’末端にTTオーバーハングを含む、請求項1から8のいずれか一項に記載の二本鎖siRNA。
  10. センス鎖が、3’末端にTTオーバーハングを含む、請求項1から9のいずれか一項に記載の二本鎖siRNA。
  11. 二本鎖siRNAのセンス鎖が、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項1から10のいずれか一項に記載の二本鎖siRNA。
  12. 二本鎖siRNAのセンス鎖が、少なくとも5つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項11に記載の二本鎖siRNA。
  13. ヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項11に記載の二本鎖siRNA。
  14. siRNAが、親油性分子、抗体、アプタマー、リガンド、ペプチドまたはポリマーに結合している、請求項1から13のいずれか一項に記載の二本鎖siRNA。
  15. 親油性分子が長鎖脂肪酸(LCFA)である、請求項14に記載の二本鎖siRNA。
  16. 抗体が抗トランスフェリン受容体抗体である、請求項14に記載の二本鎖siRNA。
  17. 請求項1から16のいずれか一項に記載の二本鎖siRNAおよび薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  18. 医学的治療に用いるための、請求項17に記載の医薬組成物。
  19. ヒトまたは動物の身体の処置に用いるための、請求項17に記載の医薬組成物。
  20. それを必要とする対象において、DUX4の異常発現に関連する疾患または障害を改善、予防、発症遅延または処置するための医薬を調製または製造するための、請求項17に記載の医薬組成物の使用。

Description

関連出願の相互参照 本願は、2020年9月1日出願の米国仮特許出願番号第63/073,304号に基づく優先権の利益を主張し、その内容全体は引用により本明細書中に包含される。 配列表への参照 本願は、EFS-Webによりテキストファイルとして電子的に提出された配列表を含む。テキストファイルの名称は「8957-5-PCT_Seq_Listing_ST25.txt」であり、サイズは194,000バイトであって、2021年8月25日に記録された。テキストファイルに含まれる情報は、37 CFR§1.52(e)(5)に従い、引用によりその内容全体が本明細書に包含される。 発明の技術分野 本発明は、DUX4遺伝子の発現を調節する二本鎖低分子干渉RNA(siRNA)、および研究、診断および/または治療におけるその適用に関する。いくつかの態様において、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー(FSHD)の予防および/または処置において、前記siRNAを含む組成物および方法に関する。 発明の背景 顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー(FSHD)は、世界で約1万人に1人の割合で発症する希少な遺伝病である。FSHD患者は、進行性の非対称の筋力低下を示し、罹患個体の20%までが重度障害者となる。筋肉以外の症状としては、潜在性感音性難聴毛細血管拡張症が挙げられる。 DUX4遺伝子の不十分なエピジェネティックな抑制による骨格筋でのDUX4タンパク質の異常発現は、FSHDの原因と考えられている。DUX4は、D4Z4マクロサテライトリピート配列の各ユニットにコードされているレトロ遺伝子である。D4Z4リピートは体細胞組織で双方向に転写され、エピジェネティックサイレンシングに関与すると考えられる長いRNAおよび低分子RNAフラグメントを生成する。より一般的なFSHD(FSHD1)は、染色体4qのサブテロメア領域におけるD4Z4マクロサテライトリピートのサブセットの欠失によって引き起こされる。罹患していない個体は、3.3kbのD4Z4リピートユニットを11~100個有しているが、FSHD1個体は10個以下のリピートしか有さない。FSHD2は、同じ4qAハプロタイプのD4Z4リピートのDNAメチル化の低下と関連している。したがって、DUX4遺伝子の発現を抑制する薬剤の投与は、FSHD1およびFSHD2の予防法または処置法として有望である。DUX4は、MHCクラスIを抑制して癌の免疫回避を促進し、抗CTLA-4療法に対する抵抗性に介在することが分かっているため、FSHDの予防または処置における有用性のほか、DUX4を標的とした処置により、癌免疫療法の成功率を高め得る。Chew et al., 2019, Dev Cell 50(5):525-6を参照のこと。 二本鎖オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現を調節するために、研究、診断、および/または治療において用いるために使用されてきた。遺伝子発現を調節する方法のひとつにRNA干渉(RNAi)があり、これは一般的に、二本鎖RNA(dsRNA)を導入して、標的の内因性mRNAレベルを配列特異的に減少させることを伴う遺伝子サイレンシングを意味する。標的mRNAの減少は、dsRNAの配列または構造に応じて、いくつかの異なる機序のうちの1つによって起こり得る。例えば、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)の形成による標的mRNAの分解、またはRNA誘導転写サイレンシング(RITS)と称されるmRNAの転写が阻害される転写サイレンシング、またはマイクロRNA(miRNA)の機能調節によるものがある。マイクロRNAは、メッセンジャーRNAの発現を制御する低分子非コーディングRNAである。RNAi化合物がマイクロRNAに結合することで、そのマイクロRNAがメッセンジャーRNAの標的に結合できなくなり、マイクロRNAの機能を阻害できる。RNAi化合物は、その配列特異性から、疾患の発症に関わる遺伝子の発現を選択的に調節する治療薬として有望視されている。 当技術分野において、FSHDの処置のための方法および薬剤が必要とされている。本発明は、DUX4遺伝子の異常な発現を抑制でき、それによりFSHDを改善、予防または処置できるオリゴヌクレオチド、それらを含む組成物および方法を提供することによって、この必要性に応える。 発明の概要 本発明は、DUX4遺伝子の発現を低減または阻害するための二本鎖低分子干渉RNA(siRNA)分子を提供する。また、本発明は、DUX4を標的とする二本鎖siRNA分子を細胞に接触させ、それによりDUX4の発現を低減または阻害することを含む、該細胞におけるDUX4の発現を低減または阻害する方法を提供する。別の面において、本発明は、二本鎖siRNA分子およびそれを含む組成物を対象に投与することによる、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー(FSHD)を含む種々の障害の予防または処置のための組成物および方法を提供する。 従って、一面において、本発明は、細胞におけるDUX4遺伝子の異常発現を低減または阻害するのに有用な、各分子がセンス鎖およびアンチセンス鎖を含む二本鎖低分子干渉RNA(siRNA)分子を含む。いくつかの態様において、二本鎖低分子干渉RNAは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドを含む。 いくつかの態様において、DUX4遺伝子は、配列番号593と少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一である核酸塩基配列を含む。特定の態様において、DUX4は、配列番号593と100%同一である核酸塩基配列を含む。 いくつかの態様では、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%または少なくとも95%相補的な核酸塩基配列を含む。いくつかの態様において、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の等長部分に100%相補的な核酸塩基配列を含む。 いくつかの態様では、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の等長部分の少なくとも8個の連続核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を含む。種々の態様において、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の等長部分の少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個または少なくとも19個の連続核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を含む。 一態様では、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の核酸塩基4605~7485内の等長部分の少なくとも8個の連続核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を含む。例えば、種々の態様において、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の核酸塩基4605-4638、4693-4727、4765-4783、4933-4951、4990-5011、5075-5093、5127-5148、5161-5193、5201-5228、5243-5279、5305-5327、5353-5397、5433-5461、5464-5509、5522-5540、5651-5670、5809-5830、5842-5865、5969-5990、6066-6086、6109-6135、6183-6229、6328-6369、6403-6451、7120-7138、7162-7190、7239-7285、7404-7437、または7452-7485内の等長部分の少なくとも8個の連続核酸塩基に相補的である核酸塩基配列を含み得る。種々の態様において、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、配列番号593の核酸塩基4605-7485の、例えば配列番号593の核酸塩基4605-4638、4693-4727、4765-4783、4933-4951、4990-5011、5075-5093、5127-5148、5161-5193、5201-5228、5243-5279、5305-5327、5353-5397、5433-5461、5464-5509、5522-5540、5651-5670、5809-5830、5842-5865、5969-5990、6066-6086、6109-6135、6183-6229、6328-6369、6403-6451、7120-7138、7162-7190、7239-7285、7404-7437または7452-7485内の等長部分の少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、または少なくとも19個の連続核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を含む。 いくつかの態様では、二本鎖低分子干渉RNAのアンチセンス鎖は、表1に列記された核酸塩基配列の何れか、すなわち、配列番号:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514、516、518、520、522、524、526、528、530、532、534、536、538、540、542、544、546、548、550、552、554、556、558、560、562、564、566、568、570、572、574、576、578、580、582、584、586、588、590および592からなる群より選択される配列の少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、または少なくとも12個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む。いくつかの態様では、二本鎖低分