JP-2026514684-A - 2つのFcドメインを含有する抗原結合タンパク質及びその使用
Abstract
本発明は、1つの抗原結合部位及び2つのFcドメインを含み、新規の抗体構造を有する融合タンパク質を提供する。ヒトIgGのものと同様の分子量を有するにもかかわらず、そのような新規の抗体構造は、天然ヒト抗体と比較して、最高4倍多くのFcドメインが細胞表面抗原に存在することを可能にする。結果として、融合タンパク質は、Fcγ受容体に対する増加したアフィニティー、及び増強したエフェクター機能を呈する。それゆえ、この新規の抗体構造を有する融合タンパク質は、新たな抗体プラットフォームとして利用され得る。 【選択図】なし
Inventors
- パク, ヒョンギュ
- ペ, ジ ソン
- イ, ドクジェ
- チェ, ウン シク
- ヤン, ギ‐ヒョク
Assignees
- センテネール バイオサイエンシーズ, インコーポレイテッド
Dates
- Publication Date
- 20260513
- Application Date
- 20240419
- Priority Date
- 20230421
Claims (20)
- (a)少なくとも1つの相補性決定領域(CDR)配列を含む第1のポリペプチド、及び少なくとも1つの相補性決定領域(CDR)配列を含む第2のポリペプチドからなる抗原結合部位であって、前記第1のポリペプチド及び前記第2のポリペプチドは二量体を形成し、前記抗原結合部位は標的抗原に特異的に結合し得る、抗原結合部位、 (b)ポリペプチド配列の一方が前記抗原結合部位の前記第1のポリペプチドに接合されている、2つのポリペプチド配列からなる二量体である第1のFcドメイン又はそのバリアント、並びに (c)ポリペプチド配列の一方が前記抗原結合部位の前記第2のポリペプチドに接合されている、2つのポリペプチド配列からなる二量体である第2のFcドメイン又はそのバリアント を含む、融合タンパク質。
- 前記抗原結合部位の前記第1のポリペプチドが、抗体重鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、前記抗原結合部位の前記第2のポリペプチドが、抗体軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 前記抗原結合部位の前記第1のポリペプチドが、抗体重鎖のCH1領域をさらに含み、及び/又は前記抗原結合部位の前記第2のポリペプチドが、抗体軽鎖の定常領域をさらに含む、請求項2に記載の融合タンパク質。
- 前記抗原結合部位が、細胞表面で発現されるタンパク質に特異的に結合する、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 前記抗原結合部位が、PD-L1、EGFR、EGFRvIII、BCMA、CD22、CD25、CD30、CD33、CD37、CD38、CD52、CD56、CD123、c-Met、DLL3、DR4、DR5、GD2、ネクチン-4、RANKL、SLAMF7、Trop-2、LIV-1、クローディン18.2、IL13α2、CD3、HER2、HER3、FGFR2、FGFR3、GPC3、ROR1、Folα、CD20、CD19、CTLA-4、VEGFR、NCAM1、ICAM-1、ICAM-2、CEACAM5、CEACAM6、癌胎児性抗原(CEA)、CA-125、アルファフェトプロテイン(AFP)、MUC-1、MUC-16、PSMA、PSCA、上皮腫瘍抗原(ETA)、黒色腫関連抗原(MAGE)、未成熟ラミニン受容体、TAG-72、HPV E6/E7、BING-4、カルシウム活性化クロライドチャネル2、サイクリン-B1、9D7、Ep-CAM、EphA2、EphA3、メソテリン、SAP-1、サバイビン、及びウイルス由来抗原からなる群から選択されるいずれか1種に特異的に結合する、請求項1に記載の融合タンパク質。
- Zタンパク質をさらに含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 前記Zタンパク質が、前記第1のFcドメイン及び前記第2のFcドメインのN末端に結合する、請求項6に記載の融合タンパク質。
- 前記Zタンパク質が、ペプチドリンカーを通じて前記第1のFcドメイン及び前記第2のFcドメインに結合している、請求項6に記載の融合タンパク質。
- 前記ペプチドリンカーがヒンジを含む、請求項8に記載の融合タンパク質。
- 前記Zタンパク質が、受容体、可溶性タンパク質、サイトカイン、単鎖Fvフラグメント(単鎖可変フラグメント;scFv)、抗体模倣体、単一ドメイン抗体(sdAb)、治療用ペプチド、及びペプチドワクチンからなる群から選択されるいずれか1種である、請求項6に記載の融合タンパク質。
- 以下の構造式(I)、(II)、(III)、及び(IV): N’-X-(L1)n-A-C’ (I); N’-Y-(L2)m-B-C’ (II); N’-(Z1)r-(L5)s-C-C’ (III);及び N’-(Z2)t-(L6)u-D-C’ (IV) のポリペプチドを含み、 式中、前記構造式(I)、(II)、(III)、及び(IV)において、 N’が、各ポリペプチドのN末端であり、 C’が、各ポリペプチドのC末端であり、 -が、連結を指し、 A、B、C、及びDが、それぞれが免疫グロブリンのCH2及びCH3領域を含み、任意選択でCH4及び/又はヒンジ配列をさらに含む、Fcドメインの単量体ポリペプチド配列であり、Aが、C又はDの一方と二量体を形成して前記第1のFcドメイン(b)を形成し、Bが、C又はDの残りの一方と二量体を形成して前記第2のFcドメイン(c)を形成し; L1、L2、L5、及びL6がそれぞれ、ペプチドリンカーであり、 n、m、r、s、t、及びuがそれぞれ、独立的に0又は1であり、 Xが、第1の抗原に特異的に結合する抗体の重鎖CDR1、CDR2、CDR3配列、又は第1の抗原に特異的に結合する抗体の重鎖可変領域を含む、前記抗原結合部位の第1のポリペプチド配列であり; Yが、第1の抗原に特異的に結合する抗体の軽鎖CDR1、CDR2、CDR3配列、又は第1の抗原に特異的に結合する抗体の軽鎖可変領域を含む、前記抗原結合部位の第2のポリペプチド配列であり; X及びYが互いと対合して、抗原に特異的に結合する前記抗原結合部位(a)を形成し、 Z1及びZ2がそれぞれ、独立的に、受容体、可溶性タンパク質、サイトカイン、単鎖Fvフラグメント(単鎖可変フラグメント;scFv)、抗体模倣体、単一ドメイン抗体(sdAb)、治療用ペプチド、及びペプチドワクチンからなる群から選択されるいずれか1種である、 請求項1に記載の融合タンパク質。
- 前記構造式(I)におけるXが重鎖CH1領域をさらに含み、及び/又は前記構造式(II)におけるYが軽鎖定常領域をさらに含む、請求項11に記載の融合タンパク質。
- 以下の構造式(I’)、(II’)、(III)、及び(IV): N’-VD1-(L3)p-X-(L1)n-A-C’ (I’); N’-VD2-(L4)q-Y-(L2)m-B-C’ (II’); N’-(Z1)r-(L5)s-C-C’ (III);及び N’-(Z2)t-(L6)u-D-C’ (IV) のポリペプチドを含み、 式中、前記構造式(I’)、(II’)、(III)、及び(IV)において、 N’が、各ポリペプチドのN末端であり、 C’が、各ポリペプチドのC末端であり、 -が、連結を指し、 A、B、C、及びDが、それぞれが免疫グロブリンのCH2及びCH3領域を含み、任意選択でCH4及び/又はヒンジ配列をさらに含む、Fcドメインの単量体ポリペプチド配列であり、Aが、C又はDの一方と二量体を形成して前記第1のFcドメイン(b)を形成し、Bが、C又はDの残りの一方と二量体を形成して前記第2のFcドメイン(c)を形成し; L1、L2、L3、L4、L5、及びL6がそれぞれ、ペプチドリンカーであり、 n、m、p、q、r、s、t、及びuがそれぞれ、0又は1であり、 VD1が、抗原に特異的に結合する抗体の重鎖若しくは軽鎖可変領域、又は抗体重鎖若しくは軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3からなり; VD2が、抗原に特異的に結合する抗体の軽鎖若しくは重鎖可変領域、又は抗体重鎖若しくは軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3からなり; VD1及びVD2が互いと対合して、第2の抗原に特異的に結合する第2の抗体可変領域を形成し、 Xが、抗原に特異的に結合する抗体の重鎖若しくは軽鎖可変領域、又は抗体重鎖若しくは軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3を含み; Yが、抗原に特異的に結合する抗体の軽鎖若しくは重鎖可変領域、又は抗体重鎖若しくは軽鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3を含み; X及びYが互いと対合して、第1の抗原に特異的に結合する第1の抗体可変領域を形成し、 VD1-(L3)p-Xが、前記抗原結合部位(a)の第1のポリペプチド配列を形成し、VD2-(L4)q-Yが、前記抗原結合部位(a)の第2のポリペプチド配列を形成し、 Z1及びZ2がそれぞれ、独立的に、受容体、可溶性タンパク質、サイトカイン、単鎖Fvフラグメント(単鎖可変フラグメント;scFv)、抗体模倣体、単一ドメイン抗体(sdAb)、治療用ペプチド、及びペプチドワクチンからなる群から選択されるいずれか1種である、 請求項1に記載の融合タンパク質。
- 前記重鎖可変領域が重鎖CH1領域をさらに含み、前記軽鎖可変領域が軽鎖定常領域をさらに含む、請求項13に記載の融合タンパク質。
- 前記Fcドメイン単量体が、Fcヘテロ二量体(ヘテロ二量体Fc)の形成を促進するノブバリアント若しくはホールバリアントを含む;又は 前記Fcドメイン単量体が、静電ステアリングメカニズムによるヘテロ二量体の形成を促進するバリアントを含む、 請求項11又は13に記載の融合タンパク質。
- XとYとの間の結合が、 i)CH1及び軽鎖定常領域に存在するCysによって形成されるジスルフィド結合を通じて、 ii)重鎖可変領域及び軽鎖可変領域に存在するCysによって形成されるジスルフィド結合を通じて、又は iii)CH1及び軽鎖定常領域に存在するCysによって形成されるジスルフィド結合、並びに重鎖可変領域及び軽鎖可変領域に存在するCysによって形成されるジスルフィド結合を通じて 達成される、請求項12又は14に記載の融合タンパク質。
- XとYとの間の結合が、Kabat番号付けに基づくCH 1 233とCL214との間に存在するジスルフィド結合に加えて、 i)VH105とVL43との間に存在するジスルフィド結合; ii)VH44とVL100との間に存在するジスルフィド結合;又は iii)CH 1 122とCL121との間に存在するジスルフィド結合 をさらに含む、請求項14に記載の融合タンパク質。
- 活性成分として、請求項1~17のいずれか一項に記載の融合タンパク質を含む、がんを予防する又は治療するための医薬組成物。
- 前記がんが、胃がん、肝臓がん、肺がん、大腸がん、乳がん、前立腺がん、胆嚢がん、膀胱がん、腎臓がん、食道がん、皮膚がん、直腸がん、骨肉腫、多発性骨髄腫、神経膠腫、卵巣がん、膵臓がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、甲状腺がん、喉頭がん、精巣がん、中皮腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ芽球性白血病、脳腫瘍、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、頭頸部がん、唾液腺がん、及びリンパ腫からなる群から選択されるいずれか1種である、請求項18に記載の医薬組成物。
- 請求項1~17のいずれか一項に記載の融合タンパク質を発現する、形質転換細胞。
Description
本発明は、がん表面抗原に特異的に結合する抗原結合部位、及び2つのFcドメインを有する新規の抗体形式に関する。 抗体ベースの治療剤及びFc融合タンパク質は、がん、免疫疾患、感染性疾患、及び炎症性疾患を有する患者に対する臨床上重要な薬物の群である。抗体Fcドメインと自然免疫系との間の相互作用によって誘導されるADCC(抗体依存性細胞媒介性細胞傷害)、ADCP(抗体依存性細胞貪食)、及びCDC(補体依存性細胞傷害)は、疾患の症状を軽減する又は治療することにおいて重要な役割を果たす。 抗体の2価性を維持しようとする、及びFcドメインの数を増加させることによってエフェクター機能を向上させようとする試みが行われているところである(Claudio Sustmannら、MAbs.2019;Dennis R Gouletら、Proteins、2020)。これらのプラットフォームは、Fcγ受容体への結合アフィニティー及びADCCの向上を認めるものの、産生及び精製の複雑性に起因して均一な抗体を獲得することは困難である。抗体のFcドメインを直列に接続する又は多数のFcドメインを構成することによって、エフェクター機能を向上させようとする試みも現在進行中である(米国特許出願公開第2020/0040084号)。この場合、抗体のサイズ又は分子量の増加に起因して、組織への透過性が大幅に下がることがあるという欠点がある。加えて、直列に連結された多量体Fcドメインは、細胞表面抗原に結合したIgG抗体によって提供される大量のFcドメインとは異種の幾何学的構造を有するため、直列に連結された多量体Fcドメインは、エフェクター機能の増加を有効に誘導することができないことがある。 天然ヒト免疫グロブリン(IgG)の概略図である。新規の操作された抗体形式の概略図である。1価の様式で抗原特異的ヒト免疫グロブリン(IgG)に結合したその腫瘍抗原を有するがん細胞を示した概略図である。1価又は2価の様式で抗原特異的ヒト免疫グロブリン(IgG)に結合したその腫瘍抗原を有するがん細胞を示した概略図である。2価の様式で抗原特異的ヒト免疫グロブリン(IgG)に結合したその腫瘍抗原を有するがん細胞を示した概略図である。抗原特異的な新規の操作された抗体に結合したその腫瘍抗原を有するがん細胞を示した概略図である。2つのFcドメインを有する新規の1価抗体形式(WT)の概略図である。VH Q105C及びVL A43Cアミノ酸置換が、2つのFcドメインを有する新規の1価抗体形式に導入されている抗体(M1)の概略図である。CH1 F122C及びCL S121Cアミノ酸置換が、2つのFcドメインを有する新規の1価抗体形式に導入されている抗体(M2)の概略図である。VH G44C及びVL Q100Cアミノ酸置換が、2つのFcドメインを有する新規の1価抗体形式に導入されている抗体(M3)の概略図である。トラスツズマブのVH-CH1ドメインにおけるCys置換の位置を示した配列情報の図解である。WT配列は配列番号8であり、変異体1の配列は配列番号10であり、変異体2の配列は配列番号12であり、変異体3の配列は配列番号14である。トラスツズマブのVL-CLドメインにおけるCys置換の位置を示した配列情報の図解である。WT配列は配列番号9であり、変異体1の配列は配列番号11であり、変異体2の配列は配列番号13であり、変異体3の配列は配列番号15である。WT、M1、M2、又はM3のSDS-PAGE分析によって獲得された結果を例示した図である。WTのサイズ排除クロマトグラフィー分析によって獲得された結果を例示した図である。M1のサイズ排除クロマトグラフィー分析によって獲得された結果を例示した図である。M2のサイズ排除クロマトグラフィー分析によって獲得された結果を例示した図である。M3のサイズ排除クロマトグラフィー分析によって獲得された結果を例示した図である。CLドメイン及びヒンジ領域が15-merペプチドで連結されている抗体(M3)の概略図である。CLドメイン及びヒンジ領域が10-merペプチドで連結されている抗体(V1)の概略図である。CLドメイン及びヒンジ領域が5-merペプチドで連結されている抗体(V2)の概略図である。CLドメイン及びヒンジ領域が、リンカーなしで直接連結されている抗体(V3)の概略図である。M3、V1、V2、又はV3のSDS-PAGE分析によって獲得された結果を例示した図である。H01又はP01がパパインで切断された場合に生成されるフラグメントの概略図である。ヒンジ領域におけるジスルフィド結合が異常に形成された場合に、H01又はP01のパパイン切断によって生成されるフラグメントの概略図である。H01パパイン切断産物のSDS-PAGE分析によって獲得された結果を例示した図である。P01パパイン切断産物のSDS-PAGE分析によって獲得された結果を例示した図である。H01wt又はH01のSDS-PAGE分析によって獲得された結果を例示した図である。Fv-(Fc)2構造を有するH01Fv1の概略図である。Fv-(Fc)2構造を有するH01Fv2の概略図である。Fv-(Fc)2構造を有するH01Fv3の概略図である。Fv-(Fc)2構造を有するH01Fv4の概略図である。Fv-(Fc)2構造を有するH01Fv5の概略図である。Fv-(Fc)2構造を有するH01Fv6の概略図である。Fv-(Fc)2構造を有するH01Fv7の概略図である。Fv-(Fc)2構造の変異位置を示した表である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSDS-PAGE分析によって獲得された結果を例示した図である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSEC分析によって獲得された結果を例示した図である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSEC分析によって獲得された結果を例示した図である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSEC分析によって獲得された結果を例示した図である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSEC分析によって獲得された結果を例示した図である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSEC分析によって獲得された結果を例示した図である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSEC分析によって獲得された結果を例示した図である。プロテインA精製後のFv-(Fc)2構造のSEC分析によって獲得された結果を例示した図である。ヒトHER2への、精製Fv-(Fc)2構造であるH01Fv1の結合に関するセンサーグラムデータの分析を例示した図である。ヒトHER2への、精製Fv-(Fc)2構造であるH01Fv2の結合に関するセンサーグラムデータの分析を例示した図である。ヒトHER2への、精製Fv-(Fc)2構造であるH01Fv4の結合に関するセンサーグラムデータの分析を例示した図である。ヒトHER2への、精製Fv-(Fc)2構造であるH01Fv5の結合に関するセンサーグラムデータの分析を例示した図である。ヒトHER2への、精製Fv-(Fc)2構造であるH01Fv6の結合に関するセンサーグラムデータの分析を例示した図である。ヒトHER2への、精製Fv-(Fc)2構造であるH01Fv7の結合に関するセンサーグラムデータの分析を例示した図である。H01、P01、トラスツズマブ、及びペルツズマブの融解温度についての示差走査蛍光分光法分析を例示した図である。H01及びP01の競合的結合を示したセンサーグラムデータのバイオレイヤー干渉法(BLI)分析の図である。HER2陽性がん細胞におけるHER2への、P01との組み合わせでのH01の結合様態を示した概略図である。HER2陽性がん細胞におけるHER2への、ペルツズマブとの組み合わせでのトラスツズマブの結合様態を示した概略図である。抗HER2抗体(50nM)を用いた処理後の、NCI-N87胃がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。抗HER2抗体(50nM)を用いた処理後の、BT474乳がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。抗HER2抗体(50nM)を用いた処理後の、SK-OV3卵巣がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。抗HER2抗体(50nM)を用いた処理後の、SNU-1胃がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。抗HER2抗体(50nM)を用いた処理後の、SNU-5胃がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。表示される濃度の抗HER2抗体(20、50、及び100nM)を用いた処理後の、NCI-N87胃がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。表示される濃度の抗HER2抗体(20、50、及び100nM)を用いた処理後の、BT474乳がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。表示される濃度の抗HER2抗体(20、50、及び100nM)を用いた処理後の、SK-OV3卵巣がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。表示される濃度の抗HER2抗体(20、50、及び100nM)を用いた処理後の、SNU-1胃がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。表示される濃度の抗HER2抗体(20、50、及び100nM)を用いた処理後の、SNU-5胃がん細胞株の表面に存在するFcドメインの量についてのフローサイトメトリー分析を例示した図である。S239D及びI332E変異がH01に導入されたH01DE4の概略図である。S239D及びI332E変異がP01に導入されたP01DE4の概略図である。ヒトHER2に対するH01、H01DE4、P01、又はP01DE4のセンサーグラム結合プロファイルである。ヒトHER2に対するH01、H01DE4、P01、又はP01DE4のセンサーグラム結合プロファイルである。ヒトHER2に対するH01、H01DE4、P01、又はP01DE4のセンサーグラム結合プロファイルである。ヒトHER2に対するH01、H01DE4、P01、又はP01DE4のセンサーグラム結合プロファイルである。Fcγ受容体1に対するH01、P01、H01DE4、P01DE4、ヒトIgG1、トラスツズマブ、ペルツズマブ、又はマルジェツキシマブのセンサーグラム結合プロファイルである。Fcγ受容体1に対するH01、P01、H01DE4、P01DE4、ヒトIgG1、トラスツズマブ、ペルツズマブ、又はマルジェツキシマブのセンサーグラム結合プロファイルである。Fcγ受容体1に対するH01、P01、H01DE4、P01DE4、ヒトIgG1、トラスツズマブ、ペルツズマブ、又はマルジェツキシマブのセンサーグラム結合プロファイルである。Fcγ受容体1に対するH01、P01、H01DE4、P01DE4、ヒトIgG1、トラスツズマブ、ペルツズマブ、又はマルジェツキシマブのセンサーグラム結合プロファイルである。Fcγ受容体1に対するH01、P01、H01DE4、P01DE4、ヒトIgG1、トラスツズマブ、ペルツズマブ、又はマルジェツキシマブのセンサーグラム結合プロファイルである。Fcγ受容体1に対するH01、P01、H01DE4、P01DE4、ヒトIgG1、トラスツズマブ、ペルツズマブ、又はマルジェツキシマブのセンサーグラム結合プロファイルである。Fcγ受容体1に対するH01、P01、H01DE4、P01D