JP-2026515014-A - 細菌コンソーシアムを含む組成物

Abstract

本発明は、腸内細菌叢の複雑性を反映し、望ましい最終代謝物生成及びそれらの使用を増加させる、菌株のコンソーシアムを提供する。 【選択図】なし

Inventors

• ド ワウタース，トマス
• レヴェンタール，ガブリエル

Assignees

• ファーマバイオーム アーゲー

Dates

Publication Date

20260513

Application Date

20240426

Priority Date

20230428

Claims (20)

1. 腸のディスバイオシス又は腸のディスバイオシスにより引き起こされるか若しくはそれに関連する疾患若しくは障害の処置における使用のための、嫌気的菌株の細菌コンソーシアムを含む組成物であって、前記コンソーシアムが、ｉ）アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）及びｉｉ）アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）及び／又はアナエロブチリクム・ハリイ（Ａｎａｅｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ ｈａｌｌｉｉ）を含み、１５種類以下の異なる菌株を含む、組成物。
2. 前記腸のディスバイオシスが、抗生物質処置後の腸のディスバイオシス、バンコマイシン耐性腸球菌（ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ）による感染後の腸のディスバイオシス、カルバペネム耐性腸球菌（ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ）による感染後の腸のディスバイオシス及び感染後の下痢に続く腸のディスバイオシスからなる群から選択される、請求項１に記載の使用のための組成物。
3. 腸のディスバイオシスにより引き起こされるか又はそれに関連する前記疾患又は障害が、潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患；関節リウマチ；多発性硬化症；移植片対宿主病；固形癌及び液性の癌、特に消化器癌、結腸直腸癌及び急性骨髄性白血病からなる群から選択される、請求項１に記載の使用のための組成物。
4. 前記コンソーシアムが、ｉ）アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）及びｉｉ）アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）及び／又はアナエロブチリクム・ハリイ（Ａｎａｅｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ ｈａｌｌｉｉ）及びｉｉｉ）一次基質をホルマート、ラクタート、スクシナート、アセタート、ブチラート及び／又はプロピオナートに変換可能な１つ又はいくつかの菌株を含み、前記一次基質が、糖、デンプン、繊維及びタンパク質及びそれらのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、請求項１～３の何れか１項に記載の使用のための組成物。
5. 前記コンソーシアムが、一次基質をラクタートに変換可能な１つ又はいくつかの菌株を含む、請求項４に記載の使用のための組成物。
6. 前記コンソーシアムが、 － 一次基質をホルマートに変換可能な１つ又はいくつかの菌株； － ホルマートをアセタートに変換可能な１つ又はいくつかの菌株；及び／又は － 一次基質をアセタートに変換可能な１つ又はいくつかの菌株 を含む、請求項４又は５に記載の使用のための組成物。
7. 前記コンソーシアムが、 － 一次基質をスクシナートに変換可能な１つ又はいくつかの菌株；及び／又は － スクシナートをプロピオナートに変換可能な１つ又はいくつかの菌株 を含む、請求項４～６の何れか１項に記載の使用のための組成物。
8. － 一次基質をホルマートに変換可能な前記株が、標準培地において単一培養で少なくとも４８時間増殖させた場合に、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも２０％をホルマートに変換可能であり； － 一次基質をアセタートに変換可能な前記株が、標準培地上の単一培養において少なくとも４８時間増殖させた場合に、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも３０％をアセタートに変換可能であり； － 一次基質をブチラートに変換可能な前記株が、標準培地において単一培養で少なくとも４８時間増殖させた場合に、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも３０％をブチラートに変換可能であり； － 一次基質をラクタートに変換可能な前記株が、標準培地において単一培養で少なくとも４８時間増殖させた場合に、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも３０％をラクタートに変換可能であり； － 一次基質をラクタートに変換可能な前記株が、標準培地において単一培養で少なくとも４８時間増殖させた場合に、複合代謝物に変換された総炭素の少なくとも３０％をプロピオナートに変換可能であり； － 一次基質をラクタートに変換可能な前記株が、標準培地において単一培養で少なくとも４８時間増殖させた場合に、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも３０％をプロピオナートに変換可能であり； － 一次基質をラクタートに変換可能な前記株が、標準培地において少なくとも４８時間単一培養で増殖させた場合に、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも３０％をスクシナートに変換可能であり； － ホルマートをアセタートに変換可能な前記株が、少なくとも４８時間、ホルマートを含むか又は補給した標準培地において単一培養で増殖させた場合に、ホルマートの少なくとも２０％を分解可能であり、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも２０％をアセタートに変換可能であり； － アセタートをブチラートに変換可能な株が、少なくとも４８時間、アセタートを含むか又は補給した標準培地において単一培養で増殖させた場合に、アセタートの少なくとも２０％を分解可能であり、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも２０％をブチラートに変換可能であり； － ラクタートをブチラートに変換可能な株が、ラクタートを含むか又はラクタートを補給した標準培地において単一培養で少なくとも４８時間増殖させた場合に、ラクタートの少なくとも２０％を分解可能であり、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも２０％をブチラートに変換可能であり； － ラクタートをプロピオナートに変換可能な株が、少なくとも４８時間、ラクタートを含むか又はラクタートを補給した標準培地において単一培養で増殖させた場合に、ラクタートの少なくとも２０％を分解可能であり、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも２０％をプロピオナートに変換可能であり；及び／又は － スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記株が、少なくとも４８時間、スクシナートを含むか又を補給した標準培地において単一培養で増殖させた場合に、ホルマートの少なくとも２０％を分解可能であり、複合代謝物ホルマート、ラクタート、スクシナート；アセタート、プロピオナート、ブチラート及びエタノールに変換された総炭素の少なくとも２０％をプロピオナートに変換可能である、 請求項４～７の何れか１項に記載の使用のための組成物。
9. アナエロチグヌム（Ａｎａｅｒｏｔｉｇｎｕｍ）ｎｏｖ．ｓｐ．、クロストリジウム＿Ｅ スポロスファエロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、コプロコッカス＿Ａ カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿Ａ ｃａｔｕｓ）、フリシンゴコッカス（Ｆｒｉｓｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓ）ｓｐ．、ベイロネラ・アチピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ａｔｙｐｉｃａ）、ベイロネラ・パルブラ亜種パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ ｓｕｂｓｐ．ｐａｒｖｕｌａ）及びベイロネラ・ラッティ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｒａｔｔｉ）の種から選択される；好ましくはアナエロチグヌム（Ａｎａｅｒｏｔｉｇｎｕｍ）、クロストリジウム＿Ｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ）、コプロコッカス＿Ａ（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿Ａ）、フリシンゴコッカス（Ｆｒｉｓｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓ）及びベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属から選択される１つ以上の菌株を含まず；さらにより好ましくは、ラクタートをプロピオナートに変換可能な菌株を含まない、請求項１～８の何れか１項に記載の使用のための組成物。
10. 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アナエロブチリクム（Ａｎａｅｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、エリシペラトクロストリジウム（Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フェカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）及びセリモナス（Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ）属から選択され； 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アシダミノコッカス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、クロストリジウム＿Ｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ）、クロストリジウム＿Ｑ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｑ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、コプロモナス（Ｃｏｐｒｏｍｏｎａｓ）、デスルホビブリオ（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、エンテロクロスター（Ｅｎｔｅｒｏｃｌｏｓｔｅｒ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フンガテラ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ）、フンガテラ＿Ａ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ＿Ａ）、オリベルバプスチア（Ｏｌｉｖｅｒｂａｐｓｔｉａ）、ペプトニフィルス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ホカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）、リジオビアセアエ（Ｒｈｉｚｉｏｂｉａｃｅａｅ）属、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、セリモナス（Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ）及びベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属から選択され； 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アガトバクター（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バリアトリクス（Ｂａｒｉａｔｒｉｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクチカゼイバチルス（Ｌａｃｔｉｃａｓｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ）／ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、メルジソマ（Ｍｅｒｄｉｓｏｍａ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ロセブリア（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びスッテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）属から選択され； 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）新規属、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、オリベルバプスチア（Ｏｌｉｖｅｒｂａｐｓｔｉａ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ホカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）及びプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）属から選択され； ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ），ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）；テリスポロバクター（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）及びインテスチニバクター（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ）属から選択され；及び／又は スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ジアリステル（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、フラボニフラクター（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ）、ファスコラルクトバクテリウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ファスコラルクトバクテリウム＿Ａ（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿Ａ）及びベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）属から選択される、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
11. 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、エリシペラトクロストリジウム（Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フェカリバクテリウム（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）及びルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）属から選択され； 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム＿Ｑ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｑ）、クロストリジウム＿Ｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ）、デスルホビブリオ（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、オリベルパブスチア（Ｏｌｉｖｅｒｐａｂｓｔｉａ）属及びリジオビアセアエ（Ｒｈｉｚｉｏｂｉａｃｅａｅ）属から選択され； 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アガトバクター（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バリアトリクス（Ｂａｒｉａｔｒｉｃｕｓ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクチカゼイバチルス（Ｌａｃｔｉｃａｓｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ）／ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びスッテレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）属から選択され； 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ属、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ホカエイコラ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ）及びプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）属から選択され； ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、テリスポロバクター（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）及びインテスチニバクター（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ）属から選択され；及び／又は スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ジアリステル（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、フラボニフラクター（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ），ファスコラルクトバクテリウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）及びファスコラルクトバクテリウム＿Ａ（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿Ａ）属から選択される、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
12. 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）属由来であり； 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属由来であり； 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属由来であり； 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）又はプレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）属由来であり； ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）又はテリスポロバクター（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）属から、好ましくはブラウチア（Ｂｌａｕｔｉａ）属由来であり；及び／又は スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ファスコラルクトバクテリウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属由来である、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
13. － 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、バクテロイデス・クラルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｌａｒｕｓ）、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コプロコッカス・エウタクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、ドレア・ホルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム（Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒａｍｕｌｕｓ）、フェカリバクテリウム・プラウスニツイイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ラクノスピラ・エリゲンス（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｅｌｉｇｅｎｓ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）ｓｐ．、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）及びセリモナス・インテスティナリス（Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）の種から選択され； － 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アシダミノコッカス・インテスティニ（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ）、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ．属（配列番号９及びそれと少なくとも９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有するそのあらゆるバリアントで示されるような１６ＳＲＮＡ配列を有する）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ルミナンチウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、クロストリジウム・ペルフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム＿Ｅ スポロスファエロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム＿Ｑ シンビオスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｑ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コプロモナス（Ｃｏｐｒｏｍｏｎａｓ）ｓｐ、デスルホビブリオ・ピゲル（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ ｐｉｇｅｒ）、ドレア・ホルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・スシンデス（Ｄｏｒｅａ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）ｓｐ．９０００６６５５５、エンテロクロスター（Ｅｎｔｅｒｏｃｌｏｓｔｅｒ）ｓｐ．、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）、ユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、フンガテラ・エフルビイ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ ｅｆｆｌｕｖｉｉ）、フンガテラ＿Ａ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ＿Ａ）ｓｐ．、オリベルパブスチア（Ｏｌｉｖｅｒｐａｂｓｔｉａ）ｓｐ．、ペプトニフィルス・バジナリス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ）、ホカエイコラ・プレベイウス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、リゾビアセアエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）ｎｏｖ．属、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｃｏｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）、セリモナス・インテスティナリス（Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）及びベイロネラ・ラッティ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｒａｔｔｉ）の種から選択され； － 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アガトバクター／ロセブリア・ファエシス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ／Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・クラルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｌａｒｕｓ）、バクテロイデス・ファエシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バリアトリクス・コメス（Ｂａｒｉａｔｒｉｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・ガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、ラクチカゼイバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｉｃａｓｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）／ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）ｓｐ．、メルジソマ・アエロサケリフィルス（Ｍｅｒｄｉｓｏｍａ Ａｅｒｏｓａｃｈｅｒｉｐｈｉｌｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・ストマチス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｔｏｍａｔｉｓ）、ロセブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・アンギノサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）及びスッテレラ・ワドスウォセンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）の種から選択され； － 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ．属（配列番号１又はそれと少なくとも９０％、９５％又は９９％同一のバリアントで示されるようなＤＮＡゲノム配列を有する及び／又は配列番号９又はそれと少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％、より好ましくは９９％、９９．５％、９９．７％若しくは９９．９％の配列同一性を有するバリアントで示されるような１６ＲＮＡ配列を有する）、バクテロイデス・ファエシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、オリベルパブスチア（Ｏｌｉｖｅｒｐａｂｓｔｉａ）ｓｐ．、バクテロイデス・ファエシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、ホカエイコラ・ドレイ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｄｏｒｅｉ）、ホカエイコラ・プレベイウス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、ホカエイコラ・ブルガツス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）及びプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の種から選択され； － ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）（特に配列番号１７又はそれと少なくとも９０％、９５％又は９９％同一のバリアントで示されるような１６ＳＲＮＡ配列を有する）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｍａｙｏｍｂｅｉ）、インテスチニバクター・バルトレティイ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）及びユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）の種から選択され；及び／又は － スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ジアリステル・ホミニス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ジアリステル・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｉｎｖｉｓｕｓ）、フラボニフラクター・プラウティイ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）、ファスコラルクトバクテリウム＿Ａ スクシナツテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿Ａ ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）、ベイロネラ・パルブラ亜種パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ ｓｕｂｓｐ．ｐａｒｖｕｌａ）及びベイロネラ・ラッティ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｒａｔｔｉ）の種から選択される、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
14. － 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、コプロコッカス・エウタクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｅｕｔａｃｔｕｓ）、ドレア・ホルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム（Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ）、フェカリバクテリウム・プラウスニツイイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ラクノスピラ・エリゲンス（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｅｌｉｇｅｎｓ）及びルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）の種から選択され； － 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ルミナンチウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、クロストリジウム＿Ｑ シンビオスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｑ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、クロストリジウム＿Ｅ スポロスファエロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、デスルホビブリオ・ピゲル（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ ｐｉｇｅｒ）、ドレア・ホルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ドレア・スシンデス（Ｄｏｒｅａ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、ドレア（Ｄｏｒｅａ）ｓｐ．、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）、ユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）、オリベルパブスチア（Ｏｌｉｖｅｒｐａｂｓｔｉａ）ｓｐ．及びリゾビアセアエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）ｎｏｖ．属の種から選択され； － 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アガトバクター・ファエシス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・クラルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｌａｒｕｓ）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バリアトリクス・コメス（Ｂａｒｉａｔｒｉｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・ガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、ラクチカゼイバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｉｃａｓｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・ストマチス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｔｏｍａｔｉｓ）、ストレプトコッカス・アンギノサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）及びスッテレラ・ワドスウォセンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）の種から選択され； － 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ属、バクテロイデス・ファエシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、ホカエイコラ・ドレイ（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｄｏｒｅｉ）、ホカエイコラ・プレベイウス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、ホカエイコラ・ブルガツス（Ｐｈｏｃａｅｉｃｏｌａ ｖｕｌｇａｔｕｓ）及びプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の種から選択され； － ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）（特に配列番号１７又はそれと少なくとも９０％、９５％又は９９％同一のバリアントで示されるような１６ＳＲＮＡ配列を有する）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｍａｙｏｍｂｅｉ）、インテスチニバクター・バルトレティイ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）及びユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）の種から選択され；及び／又は － スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ジアリステル・ホミニス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ジアリステル・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｉｎｖｉｓｕｓ）、フラボニフラクター・プラウティイ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びファスコラルクトバクテリウム＿Ａ スクシナツテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿Ａ ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）の種から選択される、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
15. － 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ドレア・ホルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、フェカリバクテリウム・プラウスニツイイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）及びルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）の種から選択され； － 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ルミナンチウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、デスルホビブリオ・ピゲル（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ ｐｉｇｅｒ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）、ユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）及びリゾビアセアエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）ｎｏｖ．属の種から選択され、 － 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バリアトリクス・コメス（Ｂａｒｉａｔｒｉｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・ガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、ラクチカゼイバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｉｃａｓｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ストレプトコッカス・アンギノサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）及びスッテレラ・ワドスウォセンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）の種から選択され； － 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ．属（特に配列番号１又はそれと少なくとも９０％、９５％又は９９％同一のバリアントで示されるようなＤＮＡゲノム配列を有する及び／又は配列番号９又はそれと少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％、より好ましくは９９％、９９．５％、９９．７％若しくは９９．９％の配列同一性を有するバリアントで示されるような１６ＲＮＡ配列を有する）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）及びバクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）の種から選択され； － ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）（特に配列番号１７又はそれと少なくとも９０％、９５％又は９９％同一のバリアントで示されるような１６ＳＲＮＡ配列を有する）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）及びテリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｍａｙｏｍｂｅｉ）の種から選択され；及び／又は － スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ジアリステル・ホミニス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｈｏｍｉｎｉｓ）、ジアリステル・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｉｎｖｉｓｕｓ）、フラボニフラクター・プラウティイ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びファスコラルクトバクテリウム＿Ａ スクシナツテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿Ａ ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）の種から選択される、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
16. － 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）種からであり； － 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）及びビフィドバクテリウム・ルミナンチウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）の種から選択され、 － 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）の種からであり； － 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ．属、バクテロイデス・ファエシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、及びプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の種から選択され； － ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｍａｙｏｍｂｅｉ）の種から選択され及び／又は － スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）種からである、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
17. － 一次基質をホルマートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株がルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）であり； － 一次基質をアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株がビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）であり、 － 一次基質をラクタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株がラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）であり； － 一次基質をスクシナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株が、アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ．属（特に配列番号１又はそれと少なくとも９０％、９５％又は９９％同一のバリアントで示されるようなＤＮＡゲノム配列を有する及び／又は配列番号９又はそれと少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％、より好ましくは９９％、９９．５％、９９．７％若しくは９９．９％の配列同一性を有するバリアントで示されるような１６ＲＮＡ配列を有する）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）及びバクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）の種から選択され； － ホルマートをアセタートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株がブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）であり；及び／又は － スクシナートをプロピオナートに変換可能な前記１つ又はいくつかの菌株がファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）である、 請求項３～９の何れか１項に記載の使用のための組成物。
18. 前記細菌コンソーシアムが、アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）及び／又はアナエロブチリクム・ハリイ（Ａｎａｅｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ ｈａｌｌｉｉ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及び： － バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）及び細菌アクタリバクター（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ）ｎｏｖ．属（配列番号１と９０％、９５％又は９９％の配列同一性を有するＤＮＡゲノム配列を有する）からなる群から選択される細菌；及び － ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｍａｙｏｍｂｅｉ）、インテスチニバクター・バルトレティイ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）及びユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）からなる群から、好ましくはテリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）及びブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）（特に配列番号１７又はそれと少なくとも９０％、９５％又は９９％同一のバリアントで示されるような１６ＳＲＮＡ配列を有する）からなる群から選択される細菌を含むか又は基本的にそれらからなる、請求項１～１７の何れか１項に記載の使用のための組成物。
19. 前記細菌コンソーシアムが： － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）；ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びバクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）； － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）；ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）；又は － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）；ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及び配列番号１のＤＮＡゲノム配列を有する細菌を含むか又は基本的にそれらからなり、 － 前記細菌コンソーシアムにおいて、ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）が、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｍａｙｏｍｂｅｉ）、インテスチニバクター・バルトレティイ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）及びユーバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ）からなる群から、好ましくはブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ）、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｍａｙｏｍｂｅｉ）からなる群から、さらにより好ましくはテリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、ブラウチア＿Ａ ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｌｕｔｉ）、ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）からなる群から選択される細菌により置き換えられ得る、 請求項１～１８の何れか１項に記載の使用のための組成物。
20. 前記細菌コンソーシアムが、 － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）；ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びバクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）； － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）；ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）； － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ブラウチア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）；ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及び配列番号１のＤＮＡゲノム配列を有する細菌； － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；テリスポロバクター・オチニエンシス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｏｔｈｉｎｉｅｎｓｉｓ）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びバクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）；又は － アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）；アナエロスチペス・カッカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ）；ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）；ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）；ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）；ブラウチア＿Ａ ウェクスレラ（Ｂｌａｕｔｉａ＿Ａ ｗｅｘｌｅｒａｅ）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ）及びバクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）を含むか又はそれらからなる、 請求項１～１９の何れか１項に記載の使用のための組成物。

Description

本発明は、微生物学の分野に関する。本発明は、菌株のコンソーシアムを含む組成物及びその使用を提供する。 腸内細菌叢に基づく生菌バイオ医薬品（ＬＢＰ）が、多数の慢性疾患を処置するための新規モダリティとして新たに現れている。治療目標は、ディスバイオシスを元に戻し、回復を促進するために、生きている微生物を投与することによって目標とする腸内細菌叢調整を誘導することである。 健康なドナーからの糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）は現在、病的な微生物叢を健康な状態に回復させる、最も成功している方法である。しかしながら、健康な微生物叢の具体的な特性が何であるか及びこれらがどのようにして回復を促進し、その結果、様々な疾患に対してＦＭＴの可変的な有効性を生じさせるかについては、完全には理解されていない。さらに、ＦＭＴによる有害事象の可能性によって、重大な安全性の懸念が高まる。 特徴がよく分かっている、規定の細菌コンソーシアムは、より安全であり、且つより制御された、ＦＭＴに対する代替物に相当する。健康な微生物叢は一般的に、数百種類の株を含有するので、規定の生成物において完全な分類学的多様性を単純に再構築することは、漠然としたものである。しかしながら、機能的に重複している株を除去し、具体的な治療標的に対する重要な微生物機能に集中することによって、複雑性を軽減し得る。原理的には直感的である一方、この機能的概念を明確なコンソーシアムに置き換えることは、腸内細菌叢の殆どが依然として培養されておらず、特徴が分からないため、単純なものではない。加えて、微生物を一緒に混合することは、それらが互いと相互作用し、微生物ネットワーク形成を必要とする機能的ニッチを塞ぐことを保証するものではない。従って、製品の安定性、標準化及び重要な機能の性能が常に保障され得るものではない。 したがって、腸内細菌叢の複雑性を反映し得る、及び腸のディスバイオシス及びこのような状態に関連する疾患又は障害を予防又は処置するために効果的に使用され得る、細菌種の代替的及び特定のコンソーシアムを設計する必要がある。 加えて、腸のディスバイオシスによって、未消化の食事性炭水化物の細菌発酵によって腸管腔内で生成される１～６個の炭素を持つ有機脂肪酸である短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の生成が損なわれることは、当技術分野で公知である。アセタート、プロピオナート及びブチラートは、消化管（ＧＩＴ）で生成される、最も豊富なＳＣＦＡである。 ＳＣＦＡ研究の中には、ブチラートの効果及びヒトの健康におけるその潜在的な応用に向けられた多くの研究が存在している。ブチラートは、上皮性関門機能及び全体的な消化管の健康において有益な効果を有することが知られている。これは、遺伝子発現、免疫調整及び酸化ストレス低下を含む、腸のヒト及び微生物細胞の複数の機能を調節する細胞性メディエーターである。哺乳動物細胞は著しい量のブチラートを産生しないので、その唯一の実質的な供給源は、腸内細菌叢及び乳製品の摂取である。 したがって、腸のディスバイオシス及び関連疾患又は障害を予防するか又は処置するための、腸内細菌叢複雑性を反映し得、望ましい最終代謝物、例えばブチラートなど、の生成を増加させ得る細菌種の特異的なコンソーシアムを開発する必要がある。 定義 別段定められない限り、本明細書中で使用される全ての技術、記号及び他の科学技術の用語は、本発明が属する技術分野の熟練者によって一般的に理解される意味を有するものとする。 本発明がより容易に理解され得るようにするために、本明細書中で以後、ある特定の用語を定める。詳細な記述を通して、更なる定義が示される。 本明細書中で使用される場合、用語「マイクロバイオーム」及び「微生物叢」は、同等であり、同じある種の生息環境又は宿主を文字通り共有する共生、相利共生及び病原性微生物の生態学的共同体を指す。これらの用語は特に、ヒト腸又は腸内細菌叢を指す。 用語「細菌」、「細菌株」及び「バクテリア株」は、交換可能に使用され得、分類学的ドメイン細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）のあらゆる細菌を指す。それらの機能ゆえに、分類学的ドメインアルケア（Ａｒｃｈａｅａ）に属するメタノブレビバクター（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ）属及びカンジダツス・メタノマッシリコッカス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｍｅｔｈａｎｏｍａｓｓｉｌｉｉｃｏｃｃｕｓ）（本明細書中でメタノマッシリコッカス（Ｍｅｔｈａｎｏｍａｓｓｉｌｉｉｃｏｃｃｕｓ）とも呼ばれる）の種は、これらの用語において本明細書中に含まれる。好ましくは、「細菌」、「細菌株」及び「菌株」という用語は、分類学的ドメイン細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）を指す。 本明細書中で使用される種の定義は、それらの全ゲノムの配列同一性及び／又はその特徴的なセクションにより定められる（このケースは公開データベースへの参照を介したものであり得るので）。例えば、少なくとも９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％又は９９．９％、好ましくは９９．９％の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列類似性を有する細菌は、同じ分類群に属するとみなされる。当業者が承知しているように、用語体系は、研究団体の分析方法及びアプローチの開発ゆえに常に変更がある。例えば、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）属は、クロストリジウム＿Ｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｕｍ＿Ｅ）、クロストリジウム＿Ｑ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｕｍ＿Ｑ）などにさらに分類されている。以前の及び現在の分類系へのゲノムの割り当ては、例えばｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｔｘｏｎｏｍｙ／Ｂｒｏｗｓｅｒ／ｗｗｗｔａｘ．ｃｇｉから又はｈｔｔｐｓ：／／ｈｔｔｐｓ：／／ｇｔｄｂ．ｅｃｏｇｅｎｏｍｉｃ．ｏｒｇ／から検索され得る。研究団体又は研究団体の一部により示唆されており、本発明に関連し得る命名法における変更には、クロストリジウム・スポロスフェロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）のクロストリジウム＿Ｅ スポロスファエロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）への、クロストリジウム／・シンビオスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）のクロストリジウム＿Ｑ シンビオスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｑ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）への、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）のコプロコッカス＿Ａ カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿Ａ ｃａｔｕｓ）への、フンガテラ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ）種のフンガテラ＿Ａ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ＿Ａ）種への、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナツテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）のファスコラルクトバクテリウム＿Ａ スクシナツテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿Ａ ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）への、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ）のルミノコッカス＿Ｅ ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿Ｅ ｂｒｏｍｉｉ）への再分類が含まれる。属に対する従来の用語が使用される場合はいつも（例えばクロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ））、新たに導入された関連する属（例えばクロストリジウム＿Ｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｅ）、クロストリジウム＿Ｑ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿Ｑ）など）を包含するものとする。 細菌クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）は、最近、アナエロチグヌム・ラクタチフェルメンタンス（Ａｎａｅｒｏｔｉｇｎｕｍ ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）と再命名されたことに注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）」及び「アナエロチグヌム・ラクタチフェルメンタンス（Ａｎａｅｒｏｔｉｇｎｕｍ ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）」は、同じ意味を有し、交換可能に使用され得る。 細菌「ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）」は、「アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）」と新たに命名されていることにも注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「ユーバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）」及び「アガトバクター・レクタリス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｒｅｃｔａｌｉｓ）」は、同じ意味を有し、交換可能に使用され得る。 細菌「ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）」は、「アナエロブチリクム・ハリイ（Ａｎａｅｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ ｈａｌｌｉｉ）」と新たに命名されていることに注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）」及び「アナエロブチリクム・ハリイ（Ａｎａｅｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ ｈａｌｌｉｉ）」は、同じ意味を有し、交換可能に使用され得る。 細菌「アガトバクター・ファエシス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｆａｅｃｉｓ）」は、「ロセブリア・ファエシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）」と新たに命名されていることに注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「アガトバクター・ファエシス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｆａｅｃｉｓ）」及び「ロセブリア・ファエシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｆａｅｃｉｓ）」は、同じ意味を有し、交換可能に使用され得る。 細菌「ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）」は、「ラクチカゼイバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｉｃａｓｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）」と新たに命名されていることに注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）」及び「ラクチカゼイバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｉｃａｓｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）」は、同じ意味を有し、交換可能に使用され得る。 細菌「ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）」は、「ラクノスピラ・エリゲンス（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｅｌｉｇｅｎｓ）」と新たに命名されていることに注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）」及び「ラクノスピラ・エリゲンス（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｅｌｉｇｅｎｓ）」は、同じ意味を有し、交換可能に使用され得る。 「クロストリジウム・バルトレティイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）」は、「インテスチニバクター・バルトレティイ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）」と新たに命名されていることに注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「クロストリジウム・バルトレティイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）」及び「インテスチニバクター・バルトレティイ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）」は、同じ意味を有し、交換可能に使用され得る。 「クロストリジウム・グリコリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ）」は、「Ｔｅｒｒｉｓｐｒｏｂａｃｔｅｒ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｓ」と新たに命名されていることに注意されたい。したがって、本明細書中で使用される場合、用語「クロストリジウム・グリコリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ）」及び「テリスポロバクター・グリコリクス（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔ