KR-102960398-B1 - 산성 pH에서 VISTA에 결합하는 항체

Abstract

본 출원은 산성 pH에서 T-세포 활성화의 V-도메인 이뮤노글로불린-함유 억제인자 (VISTA)에 특이적으로 결합하는 항체 및 암 치료에서의 그의 용도에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 항체는 산성 pH에서 인간 VISTA에 특이적으로 결합하지만, 중성 또는 생리학적 pH에서는 인간 VISTA에 유의하게 결합하지 않는다.

Inventors

• 존스턴, 로버트 제이.
• 레이크스트로, 진저
• 핑크니, 제이슨 알.
• 크리튼, 데이비드 에이.
• 첸, 궈동
• 후앙, 리처드 와이.
• 데야노바, 에카테리나 지.
• 퀴글리, 마이클
• 레마르, 하디아
• 나임, 아크바르
• 라즈팔, 아르빈드
• 셰퍼드, 폴 오.
• 보르게스, 루이스
• 란킨, 앤드류
• 바흐자트, 케이트 사둔
• 코먼, 알란 제이.
• 뎅, 샤오디
• 수, 린 후이

Assignees

• 파이브 프라임 테라퓨틱스, 인크.
• 브리스톨-마이어스 스큅 컴퍼니

Dates

Publication Date

20260506

Application Date

20190710

Priority Date

20180711

Claims (20)

1. P1-070976 (각각 서열식별번호: 509-511 및 500-502), P1-070976_H95D (각각 서열식별번호: 512-514 및 500-502), VISTA.4 (각각 서열식별번호: 503-505 및 500-502), P1-065333 (각각 서열식별번호: 506-508 및 500-502), 또는 P1-070976_E97P (각각 서열식별번호: 515-517 및 500-502)의 VH 및 VL CDR을 각각 포함하는 중쇄 및 경쇄를 포함하는, 산성 조건에서 hVISTA에 특이적으로 결합하는 항체.
2. 제1항에 있어서, 항체가 VISTA.4 (서열식별번호: 492), P1-070976 (서열식별번호: 474), P1-065333 (서열식별번호: 473), P1-070976_H95D (서열식별번호: 477), 또는 P1-070976_E97P (서열식별번호: 478)의 중쇄 가변 영역 (VH)과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 또는 적어도 99% 동일한 VH를 포함하는 것인 항체.
3. 제1항에 있어서, 항체가 VISTA.4, P1-070976, P1-065333, P1-070976_H95D, 또는 P1-070976_E97P의 경쇄 가변 영역 (VL) (서열식별번호: 493 또는 서열식별번호: 479에 상응함)과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 또는 적어도 99% 동일한 VL을 포함하는 것인 항체.
4. 제1항에 있어서, 항체가 VISTA.4 (서열식별번호: 492 및 479 또는 서열식별번호: 492 및 493), P1-070976 (서열식별번호: 474 및 479 또는 서열식별번호: 474 및 493), P1-065333 (서열식별번호: 473 및 479 또는 서열식별번호: 473 및 493), P1-070976_H95D (서열식별번호: 477 및 479 또는 서열식별번호: 477 및 493), 또는 P1-070976_E97P (서열식별번호: 478 및 479 또는 서열식별번호: 478 및 493)의 VH 및 VL과 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 또는 적어도 99% 동일한 VH 및 VL을 포함하는 것인 항체.
5. 제1항에 있어서, 항체가 P1-070976 (서열식별번호: 474), P1-070976_H95D (서열식별번호: 477), VISTA.4 (서열식별번호: 492), P1-065333 (서열식별번호: 473), 또는 P1-070976_E97P (서열식별번호: 478)의 VH를 포함하는 것인 항체.
6. 제1항에 있어서, 항체가 서열식별번호: 479 또는 493의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하는 것인 항체.
7. 제1항에 있어서, 항체가 P1-070976 (서열식별번호: 474 및 479 또는 서열식별번호: 474 및 493), P1-070976_H95D (서열식별번호: 477 및 479 또는 서열식별번호: 477 및 493), VISTA.4 (서열식별번호: 492 및 479 또는 서열식별번호: 492 및 493), P1-065333 (서열식별번호: 473 및 479 또는 서열식별번호: 473 및 493), 또는 P1-070976_E97P (서열식별번호: 478 및 479 또는 서열식별번호: 478 및 493)의 VH 및 VL (VL에서 A64G를 갖거나 또는 갖지 않음)을 포함하고, 여기서 VL은 임의로 A64G 치환을 포함하는 것인 항체.
8. 제1항에 있어서, 항체가 VISTA.4.IgG1.3 (서열식별번호: 491), P1-070976.IgG1.3 (서열식별번호: 476), P1-065333.IgG1.3 (서열식별번호: 475), P1-070976_H95D.IgG1.3 (서열식별번호: 480), 또는 P1-070976_E97P.IgG1.3 (서열식별번호: 481)의 중쇄 (HC)와 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 또는 적어도 99% 동일한 HC를 포함하는 것인 항체.
9. 제1항에 있어서, 항체가 VISTA.4.IgG1.3, P1-070976.IgG1.3, P1-065333.IgG1.3, P1-070976_H95D.IgG1.3, 또는 P1-070976_E97P.IgG1.3의 경쇄 (LC) (VL에서 A64G 치환을 갖거나 또는 갖지 않음)와 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 또는 적어도 99% 동일한 LC를 포함하는 것인 항체.
10. 제1항에 있어서, 항체가 VISTA.4.IgG1.3 (서열식별번호: 491 및 494 또는 서열식별번호: 491 및 482), P1-070976.IgG1.3 (서열식별번호: 476 및 494 또는 서열식별번호: 476 및 482), P1-065333.IgG1.3 (서열식별번호: 475 및 494 또는 서열식별번호: 475 및 482), P1-070976_H95D.IgG1.3 (서열식별번호: 480 및 494 또는 서열식별번호: 480 및 482), 또는 P1-070976_E97P.IgG1.3 (서열식별번호: 481 및 494 또는 서열식별번호: 481 및 482)의 HC 및 LC (VL에서 A64G를 갖거나 또는 갖지 않음)와 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 97%, 또는 적어도 99% 동일한 HC 및 LC를 포함하는 것인 항체.
11. 제1항에 있어서, 항체가 P1-070976.IgG1.3 (서열식별번호: 476), P1-070976_H95D.IgG1.3 (서열식별번호: 480), VISTA.4.IgG1.3 (서열식별번호: 491), P1-065333.IgG1.3 (서열식별번호: 475), 또는 P1-070976_E97P.IgG1.3 (서열식별번호: 481)의 HC를 포함하는 것인 항체.
12. 제1항에 있어서, 항체가 P1-070976.IgG1.3, P1-070976_H95D.IgG1.3, VISTA.4.IgG1.3, P1-065333.IgG1.3, 또는 P1-070976_E97P.IgG1.3의 LC (VL에서 A64G를 갖거나 또는 갖지 않음) (서열식별번호: 494 (A64G를 갖지 않음) 또는 서열식별번호: 482 (A64G를 가짐))를 포함하는 것인 항체.
13. 제1항에 있어서, 항체가 P1-070976.IgG1.3 (서열식별번호: 476 및 494 또는 서열식별번호: 476 및 482), P1-070976_H95D.IgG1.3 (서열식별번호: 480 및 494 또는 서열식별번호: 480 및 482), VISTA.4.IgG1.3 (서열식별번호: 491 및 494 또는 서열식별번호: 491 및 482), P1-065333.IgG1.3 (서열식별번호: 475 및 494 또는 서열식별번호: 475 및 482), 또는 P1-070976_E97P.IgG1.3 (서열식별번호: 481 및 494 또는 서열식별번호: 481 및 482)의 HC 및 LC (VL에서 A64G를 갖거나 또는 갖지 않음)를 포함하는 것인 항체.
14. 제1항에 있어서, 항체가: - 전장 항체, 또는 전장 중쇄 (C-말단 리신을 갖거나 또는 갖지 않음) 및 전장 경쇄를 포함하는 항체이거나; - 항원 결합 단편이거나; - 다량체 또는 이중특이적 항체이거나; 또는 - 또 다른 분자에 연결되어 있고, 임의로 여기서 다른 분자는 표지, 펩티드, 항체 약물 접합체 (ADC), 또는 활성화가능한 항체인 항체.
15. hVISTA에 특이적으로 결합하고, VISTA 매개된 T 세포 활성화를 억제하는 항체이며, 여기서 항체는 각각 서열식별번호: 503-505, 506-508, 509-511, 512-514, 또는 515-517을 포함하는 VH CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 500-502를 포함하는 VL CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는 것인 항체.
16. 제15항에 있어서, 항체가 서열식별번호: 463, 473, 474, 477, 478, 또는 492를 포함하는, 신호 펩티드를 갖거나 또는 갖지 않는 VH를 포함하는 것인 항체.
17. 제15항에 있어서, 항체가 서열식별번호: 464, 471, 479, 또는 493을 포함하는, 신호 펩티드를 갖거나 또는 갖지 않는 VL을 포함하는 것인 항체.
18. 제1항 내지 제7항 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 야생형 인간 IgG1 (서열식별번호: 182), 야생형 인간 IgG2, 야생형 인간 IgG3, 야생형 인간 IgG4, S228P 치환을 포함하는 야생형 인간 IgG4, IgG1.1 (서열식별번호: 183), IgG1.3 (서열식별번호: 163), IgG1.P238K (서열식별번호: 184)를 포함하는, C-말단 리신을 갖거나 또는 갖지 않는 중쇄 불변 영역을 포함하는 것인 항체.
19. 제1항 내지 제7항 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 서열식별번호: 475, 476, 491, 480, 또는 481을 포함하는, 신호 펩티드를 갖거나 또는 갖지 않는 중쇄 (HC)를 포함하는 것인 항체.
20. 제1항 내지 제7항 또는 제15항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 서열식별번호: 472, 494, 또는 482를 포함하는, 신호 펩티드를 갖거나 또는 갖지 않는 경쇄를 포함하는 것인 항체.

Description

산성 pH에서 VISTA에 결합하는 항체 본 출원은 산성 pH에서 T-세포 활성화의 V-도메인 이뮤노글로불린-함유 억제자 (VISTA)에 특이적으로 결합하는 항체 및 암 치료에서의 그의 용도에 관한 것이다. T-세포 활성화의 V-도메인 Ig-함유 억제자 또는 VISTA는 골수단핵구성 세포 및 다른 백혈구에 의해 발현되는 면역수용체의 B7 패밀리의 공동-억제 구성원이다. 그러나, VISTA가 면역 반응을 억제하는 메카니즘은 잘 이해되지 않는다. 본 발명자들은 다른 공지된 면역수용체와 달리, VISTA가 생리학적 pH (예를 들어, 7.3 - 7.4)에서 거의 활성을 갖지 않고, 산성 pH에서 그의 반대-수용체에 결속하고, 선택적으로 기능한다는 것을 발견하였다. 따라서, VISTA는 혈액에서 순환하거나 비-염증발생 비-산성 조직에 상주하는 세포를 교란시키지 않으면서 산성 미세환경, 예컨대 종양 층 또는 염증 부위에서 면역 반응을 억제할 수 있다. 추가적으로, 본 발명자들은 항-VISTA 항체가 VISTA 자신의 산성 pH 선택성을 반영하여 생리학적 pH에서 거의 또는 전혀 결합하지 않고, 산성 pH에서 VISTA에 선택적으로 결합하도록 조작될 수 있다는 것을 발견하였다. 이들 산성 pH 선택적 항체는 생리학적 pH에서 VISTA에 결합하는 항체에 비해 질환, 예컨대 암을 치료하기 위한 바람직한 특성을 부여할 수 있다. 본 개시내용은 산성 pH에서 (예를 들어, 산성 조건에서) VISTA, 예컨대 인간 VISTA ("hVISTA" 또는 "huVISTA")의 세포외 도메인 (ECD)에 특이적으로 결합하는 항체에 관한 것이다. 본 개시내용은 또한 중성 또는 생리학적 pH에서는 거의 또는 전혀 결합하지 않으면서, 산성 pH에서 VISTA, 예컨대 hVISTA의 세포외 도메인 (ECD)에 특이적으로 결합하는 항체에 관한 것이다. 본 발명자들은 여기서, hVISTA-ECD 아미노산 서열이 다수의 보존된 히스티딘 잔기뿐만 아니라 비보존된 히스티딘 잔기를 포함하고, VISTA ECD에서 히스티딘 잔기의 빈도가 다른 B7 패밀리 구성원 및 다른 이뮤노글로불린 슈퍼패밀리 구성원에 비해 예외적으로 높다는 것에 주목하였다. (도 1a 및 1b 참조). 용액에서, 아미노산 히스티딘은 약 6.5의 pKa를 가지며, 이는 pH 6.5 이하에서 단백질 내의 히스티딘 잔기가 종종 양성자화되고, 이에 따라 양으로 하전되는 한편, pH 6.5 초과의 pH에서는 이들이 점점 더 비양성자화되고 전하상 중성이 된다는 것을 의미한다. 종양 미세환경 및 염증발생 조직은 종종 산성이고, 따라서 이들 미세환경에서 발견되는 VISTA 단백질은 그의 히스티딘 잔기에서 적어도 부분적으로 양성자화될 수 있다. 본원에 논의된 바와 같이, 본 발명자들은 히스티딘 양성자화가 VISTA의 입체형태, 표면 구조 및/또는 전하 밀도에 영향을 미칠 수 있고, 이는 따라서 수용체-리간드 상호작용(들) 및 항체 결합 둘 다를 위한 pH-특이적 또는 pH-선택적 에피토프를 생성할 수 있다고 가설화하였다. 산성 pH에서 결합하지만 중성 또는 생리학적 pH에서는 결합하지 않는 항체로 VISTA를 표적화하는 것은 순환 및 림프성 기관-체류 골수단핵구성 세포를 통해 표적-매개된 약물 배치를 방지하여, 종양 미세환경에서 항체 PK, 수용체 점유 및 활성을 개선시킬 수 있다. 산성 pH-선택적 항체는 또한 치료 양식, 예컨대 항체-의존성 세포-매개 세포독성 (ADCC), 항체-의존성 세포성 식세포작용 (ADCP), 보체-의존성 세포독성 (CDC), 및 페이로드의 전달 (항체-약물 접합체)의 경우에 순환보다는 종양내 표적 세포에 대한 VISTA 항체의 특이성을 개선시킬 수 있다. 본원의 몇몇 도면의 컬러 버전을 우선권 미국 가출원을 제출한 미국 특허상표국에 제공하였다. 본 출원이 공개되고 가출원이 공중 이용가능하게 되면, 미국 특허상표국은 필요한 수료의 요청 및 지불 시에 컬러 도면을 제공할 것으로 추정된다. 도 1a-c는 VISTA의 세포외 도메인이 예외적으로 높은 빈도의 히스티딘 잔기를 함유하고, 이들 히스티딘 잔기 중 많은 것이 보존되고, 이들 히스티딘 잔기 중 적어도 일부가 수용체-리간드 결합에 참여할 수 있음을 보여준다. 도 1a는 각각의 단백질에 대한 세포외 도메인 아미노산 잔기의 수가 x-축 상에 플롯팅되고, 각각의 단백질에 대한 세포외 도메인 내의 히스티딘 잔기의 빈도가 y-축 상에 플롯팅된, 이뮤노글로불린 도메인-함유 단백질의 그래프를 보여준다. 각각의 데이터 포인트의 크기는 각각의 단백질의 세포외 도메인에서의 히스티딘 잔기의 총 수에 상응한다. 도 1b는 인간, 시노몰구스 마카크, 및 마우스 VISTA의 세포외 도메인의 정렬된 아미노산 서열을 보여준다. 신호 펩티드 (Sig) 및 막횡단 도메인 (TMD) 서열 위치가 표시된다. 모든 3가지 종에 걸쳐 보존된 히스티딘 잔기는 볼드체 및 밑줄로 표시되고; 인간 및 시노몰구스 마카크에 걸쳐 보존된 히스티딘 잔기는 볼드체로만 표시된다. 도 1c는 인간 VISTA 이뮤노글로불린 도메인의 3차원 구조의 모델을 보여준다. 히스티딘 잔기는 공 및 막대형으로 도시된다. 도 2a-b는 VISTA의 세포외 도메인 내의 히스티딘 잔기가 생리학적 pH보다는 산성 pH의 경우에 반대-수용체 선택성을 부여한다는 모델을 보여준다. 도 2a는 히스티딘 잔기 내의 피롤 암모늄 기 (NH)의 양성자화의 결여와 존재 사이의 평형을 보여준다. 용액 중 히스티딘의 pKa는 6.5이며, 이는 히스티딘 잔기가 보다 높은 pH에서보다 pH 6.5 이하에서 양성자화되어 양으로 하전될 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 도 2b는 VISTA가 산성 pH에서 P-셀렉틴 당단백질 리간드 1 (PSGL-1) 또는 다른 반대-수용체 및 리간드 ("VISTA-R")와 선택적으로 결속하는 모델을 보여준다. 따라서, 생리학적 pH에서보다 산성 pH에서 VISTA의 세포외 도메인에 결합하는 항체는 VISTA 활성을 억제하거나 조정하는데 중요할 수 있다. 도 3은 종양-침윤 대식세포, 수지상 세포, 호중구, CD4+ 이펙터 T 세포, CD4+ 조절 T 세포, CD8+ T 세포, 자연 킬러 (NK) 세포, 및 B 세포 상에서의 VISTA 표면 발현의 수준 (항-VISTA 항체 염색의 평균 형광 강도 (MFI))을 보여준다. VISTA는 많은 종양-침윤 백혈구, 특히 골수 세포 상에서 발현된다. 종양 미세환경은 종종 산성이며, 이는 VISTA가 반대-수용체 및 리간드에 결속할 수 있게 한다. 도 4a-g는 VISTA가 중성 pH에서는 거의 또는 전혀 결합하지 않으면서 산성 pH에서 백혈구에 및 PSGL-1에 선택적으로 결합하고, 이러한 결합은 항-VISTA 항체에 의해 차단될 수 있음을 보여준다. 도 4a 좌측은 활성화된 인간 CD4+ T 세포에 대한 형광-접합된 재조합 VISTA 다량체 결합의 대표적인 히스토그램을 보여준다. 보다 진한 회색에서 보다 연한 회색으로, 채워진 히스토그램은 pH 7.0, 6.5, 6.4, 6.3, 6.1, 및 6.0에서의 결합을 도시한다. 일부 히스토그램은 그의 상응하는 pH로 라벨링된다. pH 6.0에서의 비-VISTA 대조군 다량체 결합은 채워지지 않은 히스토그램으로 제시된다. 우측에는, 상이한 pH에서 2명의 공여자로부터의 활성화된 인간 CD4+ T 세포에 대한 VISTA (원형) 및 대조군 (삼각형) 다량체 결합의 평균 MFI가 그래프로 제시된다. 도 4b는 pH 6.0 및 pH 7.4에서의 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)에 대한 재조합 VISTA 다량체 결합의 대표적인 히스토그램을 보여준다. 보다 진한 회색에서 보다 연한 회색으로, 채워진 히스토그램은 pH 6.0에서의 CD19+ B 세포, CD4+ T 세포, CD8+ T 세포, CD56+ NK 세포, 및 CD14+ 단핵구에 대한 결합을 도시한다. 채워지지 않은, 실선 경계 및 점선 경계 히스토그램은 각각 pH 7.4에서의 총 PBMC 림프구 및 단핵구에 대한 결합을 도시한다. 도 4c는 항-VISTA 차단 항체 (사각형) 또는 비-VISTA-특이적 이소형-매칭된 대조군 항체 (원형)의 존재 하에서의 활성화된 인간 CD4+ T 세포에 대한 대표적인 재조합 VISTA 다량체 결합을 보여준다. 항체 농도는 로그 스케일로 플롯팅된다. 비-선형 회귀가 또한 제시된다. 삼각형은 재조합 VISTA 다량체로 염색되지 않은 활성화된 인간 CD4+ T 세포로부터의 배경 신호를 도시한다. 도 4d는 인간 PSGL-1을 발현하도록 형질감염된 헤파란 술페이트-결핍 차이니즈 햄스터 난소 (CHO) 세포 (계통 pGSD-677, 아메리칸 타입 컬쳐 콜렉션(American Type Culture Collection))에 대한 pH 6.0에서의 재조합 VISTA 다량체 결합의 대표적인 2차원 유동 세포측정 플롯을 보여준다. 다량체 결합은 도 4c에 제시된 항-VISTA 차단 항체의 존재 및 부재 하에 수행되었다. 재조합 VISTA 다량체에 의해 염색되지 않은 채로 남겨진 세포는 대조군으로서 제시된다. PSGL-1 항체 염색은 y-축 상에 플롯팅되고, VISTA 다량체 염색은 x-축 상에 플롯팅된다. 도 4e는 pH 6.0 및 pH 7.4에서의 마우스 비장세포에 대한 재조합 마우스 VISTA-Fc 융합 단백질 결합의 대표적인 히스토그램을 보여준다. 보다 진한 회색에서 보다 연한 회색으로, 채워진 히스토그램은 pH 6.0에서의 CD8+ T 세포, CD11b+ 골수 세포, 및 CD4+ T 세포에 대한 결합을 도시한다. 채워지지 않은 히스토그램은 pH 7.4에서의 총 비장세포에 대한 결합을 도시한다. 도 4f 및 g는 인간 말초 혈액 단핵구 (도 4f) 및 호중구 (도 4g)에 대한 pH 6.0에서의 VISTA 다량체 염색의 대표적인 히스토그램을 보여준다. pH 7.4에서 VISTA를 함유하지 않은 다량체로 염색된 세포 또는 염색되지 않은 채로 남겨진 세포가 대조군으로서 포함된다. 도 5a-d는 VISTA가 우선적으로 산성 pH에서 T 세포 억제 및 세포 : 세포 부착을 매개하고, 둘 다의 효과가 항-VISTA 차단 항체에 의